Возникшая на стыке нескольких научных направлений конфликтология использует как свои собственные методы, так и методы других наук, например социологии, философии, психологии, социальной психологии, политологии, экономики и др.
Философские методы «вооружают» конфликтологию такими универсальными категориями развития природы, общества и человеческого мышления, как противоречие, диалектика противоречий, единство и борьба противоположностей и др.
Психологический метод используется при изучении психологических механизмов конфликтного поведения и мотивации. В качестве научного направления он возник в XIX в. Значительное место в психологическом методе занимает психоанализ, основы которого разработаны 3. Фрейдом. С помощью психоанализа исследуются бессознательные психические процессы и мотивации, которые способны оказывать значительное воздействие на возникновение конфликтов и поведение людей в конфликтных ситуациях.
Культурологический (социально-антропологический) метод позволяет учитывать в предполагаемом и реальном конфликте социокультурные особенности сторон.
Методы социальной психологии широко используются в конфликтологии для определения причин возникновения конфликтов и изучения их динамики в малых социальных группах и больших социальных общностях.
Социологические методы в конфликтологии считаются основными, так как социальная конфликтология, по сути, является подсистемой общей социологии. С помощью таких методов выявляют социальную обусловленность конфликтных противоречий, описывают конфликт как форму социального взаимодействия. Основанные на конкретных социологических исследованиях (сборе и анализе реальных фактов), социологические методы заложили основу прикладной конфликтологии, ориентированной на практическое применение результатов исследования.
Как и любое другое научное направление, конфликтология имеет и свою специфику, свои собственные методы исследования.
Одной из основных особенностей социальной конфликтологии является тесная взаимосвязь теоретических и эмпирических исследований. Специфика этого феномена состоит в том, что в нем соединяются и взаимодействуют теоретические (абстрактные) методы общественных наук и эмпирические (практические) методы естественных наук. Это позволяет говорить о конфликтологии как о научном направлении, способном не только теоретическими выводами и умозаключениями, но и языком конкретных данных (в цифрах, процентах и т. д.) выразить состояние той или иной социальной реальности и уровни ее конфликтности. Социальные факты, полученные эмпирическими методами, являются основой для теоретического анализа и практического применения в реальной жизни.
Другая особенность социальной конфликтологии заключается в том, что исследования проводятся в конкретной социальной среде и направлены на выявление (предупреждение) реально существующих социальных конфликтов по принципу «здесь и сейчас». Если философия путем логических умозаключений вне зависимости от времени и пространства разрабатывает «вечные» проблемы человеческого бытия, а экономика исследует основные экономические законы и способы производства, которые являются универсальными для многих социальных систем, то конфликтология — наука конкретная и каждое исследование по-своему уникально, что, конечно же, не исключает некоторых теоретических обобщений.