Налог на прибыль Согласно подп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ субсидии, выделяемые собственником (учредителем) автономным учреждениям, считаются средствами целевого финансирования и не включаются в расчет налоговой базы по налогу на прибыль.
Автономное учреждение обязано вести раздельный учет доходов и расходов, получаемых от бюджетной и внебюджетной деятельности.
Автономное учреждение не имеет права уменьшать доходы, полученные от внебюджетной деятельности на величину расходов, финансирование которых осуществляется за счет выделенных субсидий (письмо Минфина РФ № 03-03-06/4/3).
Упрощенная система налогообложения Ее могут применять автономные учреждения в сфере образования в случае, если их доходы по итогам девяти месяцев года, в котором подано заявление о переходе на УСН, не превысили 45 млн. руб. (п. 2.1 ст. 346 НК РФ).
Если величина дохода по итогам налогового (отчетного) периода превысит 60 млн. руб., то автономное образовательное учреждение должно перейти на общую систему налогообложения прибыли согласно статье 346.13 НК РФ.
Согласно требованиям ст. 346.11 НК РФ автономное образовательное учреждение освобождается от уплаты налога на прибыль, НДС и налога на имущество.
Согласно ст. 346.12 НК РФ не имеют права переходить на упрощенную систему налогообложения следующие категории автономных образовательных учреждений:
• автономные образовательные учреждения, имеющие филиалы или представительства;
• автономные образовательные учреждения, у которых средняя численность работников за отчетный (налоговый) период превысила 100 человек.
При этом под численностью в 100 человек понимается штатная численность; автономные образовательные учреждения, у которых стоимость основных средств и НМА превышает 100 млн. руб. (за исключением земельных участков).
Налог на добавленную стоимость Автономные учреждения осуществляют операции, облагаемые НДС, в общем порядке, установленном главой 21 НК РФ.
Однако в соответствии со ст. 145 НК РФ автономные учреждения могут воспользоваться льготой по НДС.
Льготой могут воспользоваться те автономные учреждения, у которых за три предшествующих подаче заявления на пользование льготой календарных месяца сумма выручки от реализации не превысила в совокупности 2 млн. руб.
Статью подготовила начальник отдела по формированию налоговой отчетности Железнова Яна Константиновна. 
