Вы хотите часть работы по бухгалтерскому сопровождению юрлиц, передать индивидуальному предпринимателю.
Да, так поступить можно. Каких либо ограничений на работу с ИП законодательство не содержит.
Для подобных целей можете заключить договор возмездного оказания работ (услуг) между своей фирмой и ИП. Принимать работы по акту и оплачивать их. С подобных выплат зарплатные налоги вам удерживать не нужно. Поскольку страховые взносы предприниматель платит за себя самостоятельно.
Что касается НДФЛ с дохода – то его предприниматель также платить сам, либо он уплачивает иной налог со своего дохода (упрощенный, ЕНВД, патент и т.п.). Но при этом важно, чтобы из договора четко следовала, что он заключен с ИП.
Вы подобные выплаты ИП можете учитывать УСН как материальные затраты (подп. 6 п.1 ст. 254, подп. 5 п.1 ст. 346.16 НК РФ).
При этом важно учесть еще такой момент. Заключать гражданско-правовой договор с человеком, который на самом деле будет выполнять функции штатного сотрудника и подчиняться внутренним правилам и распорядку, нельзя. Это прямо статьями 11 и 15 Трудового кодекса РФ.
Заключение договора возмездного оказания услуг допускается, только если возлагаемые на исполнителя по данному договору обязанности не входят в трудовые (должностные) обязанности по должностям, предусмотренным штатным расписанием организации. В ином случае должен быть заключен трудовой договор.
Поэтому здесь вы должны смотреть сами, есть основания для заключения с ИП договора возмездного оказания услуг, либо же надо подписывать трудовой договор.
Обратите внимание: с вознаграждения по трудовому договору вам нужно удерживать НДФЛ, а также начислять страховые взносы. Даже если трудовой договор заключен с индивидуальным предпринимателем.
Дело в том, что организация, которая производит выплаты в пользу физического лица, с которым заключен трудовой договор, признается налоговым агентом. А, значит, организации нужно исчислить, удержать и уплатить НДФЛ (ст. 226 НК РФ).
При этом наличие у физического лица - работника статуса индивидуального предпринимателя значения не имеет.
Что касается страховых взносов, то они начисляются на все выплаты по трудовым договорам (п. 1 ст. 7 Федерального закона № 212-ФЗ).
При УСН выплаты по трудовому договору учитываются в обычном порядке – как расходы на оплату труда (подп. 6 п.1 ст. 346.16 НК РФ).
Статью подготовил директор по развитию предпринимательства и конкуренции ОАО "Акса" Корчагин Юлиан Андриянович. 
