В теории уголовного и уголовно-исполнительного права институт помилования признается одним из существенных инструментов уголовной политики. Помилование представляет собой важную политическую проблему. При всем развитии, которое прошло человечество в целом, и Россия, в частности, идеологическая составляющая помилования осталась и по сей день. Как верно отмечает Ю. В. Саженков, институт помилования может способствовать повышению авторитета главы государства, демонстрируя его принципиальность и государственный прагматизм, с одной стороны, человеколюбию и милосердие с другой. С другой точки зрения, институт помилования может и дискредитировать главу государства, а за одно и власть, которую он представляет.
Институт помилования в Российской Федерации отличается децентрализованностью, несмотря на обратные тенденции развития права и государственности в современной России. После упразднения Комиссии по вопросам помилования при Президенте Российской Федерации, и передачи ее полномочий исполнительной власти субъектов РФ сократилось как число поданных ходатайств о помиловании, так и общее чисто актов помилования. Такая неутешительная статистика говорит о масштабной деградации института помилования. Конечно эти цифры можно оправдать, приведя в качестве аргументов чрезмерную суровость УК РСФСР, карательное правосознание судей того времени и другие причины, и как следствие активное применение актов милосердия к осужденным.
Важно отметить, что акт помилования является исключительным полномочием Президента Российской Федерации, а не обязанностью. И в этом качестве оно позволяет Главе государства в конкретных случаях исправлять несовершенства существующего уголовного закона, который может быть, например, излишне репрессивным или содержащим правовую неопределенность, порождающую несправедливые правоприменительные решения. Во-вторых, используя механизм помилования, Глава государства может содействовать устранению в конкретном случае последствий судебной ошибки.
В своем поручении по итогам заседания Совета при Президенте по развитию гражданского общества и правам человека Президент РФ указал на необходимость совершенствования института помилования. Совет при Президенте по развитию гражданского общества и правам человека опубликовал предложения, которые в целом сходятся с доктринальной юридической мыслью. В предложениях указывается на необходимость восстановления Комиссии по вопросам помилования при Президенте РФ. Помимо этого на наш взгляд кажется, что важно на федеральном уровне закрепить процедуру помилования, которая на настоящий момент не закреплена на федеральном уровне. Так, ч. 3 ст. 59, ст. 85 Уголовного Кодекса Российской Федерации предусматривают такое понятие, как помилование. Вместе с тем в Уголовно-процессуальном Кодексе оно никак не отражено. С одной стороны, общественные отношения, возникающие после вступления приговора в законную силу, не регулируются нормами уголовно-процессуального права. С другой — разд. XIV УПК «Исполнение приговора» все-таки предусматривает вопросы, возникающие в ходе фактического исполнения приговора, а также порядок их разрешения, поэтому хотя бы упомянуть о помиловании стоило. Тем более что определяющий порядок помилования Указ Президента РФ, как раз и содержит вопросы процедуры, что, безусловно, относится к компетенции УПК.
Актуальной проблемой для юридической науки является исследование законодательных основ применения помилования в аспекте определения оптимального соотношения норм федерального законодательства и подзаконных нормативно-правовых актов. В этом контексте необходима научная экспертиза целесообразности законодательных реформ и пределов ограничения компетенции Президента РФ в применении помилования.
В этом же ключе важной задачей юридической науки является ответ на вопрос о необходимости регламентации оснований и порядка применения помилования в отдельном комплексной Федеральном законе «О помиловании».
Существует еще одна организационная проблема, связанная с необходимостью введения условного помилования и соответственно, с определением организационного механизма контроля за поведением лиц, помилованных под условием не совершения нового преступления.
Законодательством Российской Федерации не установлен срок, в течение которого главой государства должно быть принято решение о применении акта помилования либо отклонении ходатайства о помиловании. Это объясняется тем, что помилование является исключительным правом Президента, и поэтому только он может решать, в какие сроки решать вопрос по существу. Специалисты в области прав человека считают это пробелом в российском праве. Поэтому конституционное право осужденных на обращение за помилованием предполагает наличие у них возможности знать результаты рассмотрения «в разумные сроки».
Помилование, осуществленное Президентом РФ, предполагает освобождение от дальнейшего отбывания наказания, сокращения наказания, его замену либо снятие судимости.
Статью подготовил ведущий корпоративный юрист Шаталов Станислав Карлович. 
