Система органов бюджетного контроля предусмотрена положениями ст. ст. 266–270 Бюджетного кодекса РФ.
Представительные (законодательные) органы всех уровней власти создают свои контрольные органы.
На федеральном уровне таким органом является Счетная палата РФ, созданная в соответствии с положениями Федерального закона № 4–ФЗ «О Счетной палате Российской Федерации», на региональном уровне – представительными (законодательными) органами власти субъектов РФ создаются собственные контрольно-счетные палаты, деятельность которых регулируется законодательством соответствующего субъекта.
Органами местного самоуправления создаются муниципальные органы контроля в соответствии с требованиями, закрепленными в Федеральном законе «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» и нормативных правовых актах соответствующих органов местного самоуправления.
Бюджетный контроль осуществляют органы исполнительной власти и органы местного самоуправления: Федеральная служба финансово-бюджетного надзора, Федеральное казначейство, финансовые органы субъектов РФ и муниципальных образований, главные распорядители, распорядители бюджетных средств. Формы и порядок осуществления контроля органами исполнительной власти, органами местного самоуправления устанавливаются Бюджетным кодексом РФ, иными актами бюджетного законодательства и нормативными правовыми актами РФ, субъектов РФ и органов местного самоуправления.
Федеральная служба финансово—бюджетного надзора и Федеральное казначейство действуют в соответствии с Положением о Федеральной службе финансово—бюджетного надзора (утв. постановлением Правительства РФ № 278) и Положением о Федеральном казначействе (утв. постановлением Правительства РФ № 703).
Контрольные органы исполнительной власти субъектов РФ создаются в соответствии с законодательством соответствующего субъекта РФ (законы и кодексы субъекта РФ, нормативные правовые акты высших должностных лиц исполнительных органов власти), а контрольные органы местного самоуправления – в соответствии с нормативными правовыми актами муниципальных образований.
Главными распорядителями и распорядителями бюджетных средств являются органы исполнительной власти и иные прямые получатели средств бюджета, которые осуществляют внутриведомственный финансовый контроль.
Названный контроль проводится в подведомственных учреждениях и организациях контрольно-ревизионными отделами министерств и ведомств, соответствующими управлениями исполнительных органов власти. Контрольные функции названными органами осуществляются в соответствии с нормативными правовыми актами соответствующего уровня, определяющими порядок работы указанных органов.