Компенсация расходов на общественный транспорт положена только сотрудникам, которые по долгу службы постоянно находятся в разъездах.
В данном случае организация возмещает сотруднику его расходы на проезд, которые он должен подтвердить документально.
Для этого по окончании определенного периода (это может быть неделя или месяц) сотрудник представляет авансовый отчет и прилагает к нему проездные билеты либо другие документы на проезд (квитанции, чеки).
Компенсация расходов на проезд в размере фактически понесенных затрат не облагается НДФЛ и страховыми взносами.
Для выплаты компенсации в организации должно быть утверждено приказом руководителя положение о порядке оплаты расходов на проезд сотрудникам, имеющим разъездной характер работы.
Перечень работ, профессий или должностей сотрудников, постоянная работа которых связана со служебными поездками, можно привести в качестве приложения к этому приказу.
Далее в трудовом договоре, заключенном с сотрудником, должно быть прописано, что он имеет разъездной характер работы и возникающие при этом расходы компенсируются ему согласно указанному положению. Если сразу в договоре это не было прописано, оформите к нему дополнительное соглашение.
Еще один документ - должностная инструкция. Если она есть (а желательно, чтобы была), пропишите и в ней условие о разъездном характере работы.
Этого будет достаточно, чтобы возмещать сотруднику фактически понесенные им расходы на проезд и не платить с этой компенсации каких-либо зарплатных налогов.
Если оплата проездных не предусмотрена трудовым или коллективным договором, или другим нормативным документом по организации, то с суммы компенсации необходимо удержать НДФЛ и начислить страховые взносы в общем порядке.
Оплачивать проезд в общественном транспорте организация может:
– либо выдав работнику билет на проезд в общественном транспорте, который она приобрела самостоятельно (через подотчетное лицо);
– либо выплатив компенсацию стоимости билета, который работник приобрел самостоятельно. При этом обязательно должны быть документы, которые позволяют определить, что работник фактически находился в разъездах (например, проездные документы, маршрутные (путевые) листы, отчеты о выполненной работе, отчеты по рейсам и т.д.).
Если сотрудник сам покупает проездные, то организация может сотруднику выдать деньги под отчет - сотрудник купит проездной и по окончанию срока действия проездного оформит авансовый отчет и приложит к нему подтверждающие расход документы (сам проездной и чек о его оплате, если выдали в кассе при его покупке, отчет о поездках - форма документа не установлена, организация вправе составить нужный документ самостоятельно).
Или же сотрудник покупает проездной за свои деньги, организация затем возмещает ему расходы также на основании оформленного авансового отчета и подтверждающих документов на расход.
В УСН данные расходы учитывать Вы не можете, так как применяете объект "доходы", на котором расходы в расчет налога не берутся.
Статью подготовила специалист по международным стандартам финансовой отчетности Меликова Мария Марковна. 
