Система внутреннего контроля учреждения — это совокупность организационной структуры, методик и процедур, принятых руководством учреждения для упорядоченного и эффективного ведения хозяйственной деятельности, финансируемой за счет бюджетных средств и доходов за счет деятельности, приносящей доход, которая включает организованные внутри учреждения и его силами надзор и проверку:
1) соблюдения требований законодательства;
2) исполнения приказов и распоряжений руководителя учреждения;
3) правильности документального оформления первичных документов;
4) предотвращение ошибок и искажений;
5) своевременности и подготовки достоверной бухгалтерской отчетности;
6) обеспечение сохранности имущества учреждения.
В 2021 году внутренним контролем прежде всего занимаются бухгалтеры.
В связи с этим в должностных инструкциях бухгалтеров необходимо предусмотреть в разделе «Обязанности» контрольные функции бухгалтера и в разделе «Ответственность» указать, какую моральную и материальную ответственность несет бухгалтер за неисполнение контрольных функций.
В системе внутреннего контроля субъектами контроля являются руководители, специалисты других служб. В должностных инструкциях этих субъектов контроля должны указываться контрольные функции и ответственность за их неисполнение.
К институтам внутреннего контроля в учреждениях относятся назначаемые собственниками (вышестоящими учреждениями) или руководством учреждения ревизоры или ревизионные комиссии.
Ревизорам или ревизионной комиссии необходимо предоставить права, которые позволят осуществить общую программу проверки:
• проверку соответствия фактов хозяйственной жизни действующему законодательству;
• проверку целесообразности совершения фактов хозяйственной жизни, так как они могут быть законными, но не целесообразными;
• проверку правильности составления первичных документов, составления корреспонденции счетов бухгалтерского учета и отражения их в соответствующих журналах операций;
• проверку правильности составления учетных бухгалтерских расчетов;
• проверку планово-сметных документов;
• изучение приказов и распоряжений и проверка их исполнения;
• изучение переписки бюджетного учреждения;
• проверку состояния и сохранности товарно-материальных ценностей и наличия материально-ответственных лиц;
• проверку состояния наличия и анализ эффективности использования объектов основных средств;
• проверку использования средств на ремонт основных средств;
• проверку правильности ведения раздельного учета доходов и расходов по видам деятельности;
• проверку правильности начисления и своевременности уплаты налогов в бюджет и сборов в государственные внебюджетные фонды.
В крупных бюджетных учреждениях могут быть созданы ревизионные комиссии или в штате административно-управленческого персонала предусмотрена штатная единица ревизора, который должен знать порядок ведения учета на счетах Единого плана счетов.
Выше изложенные права ревизоров, ревизионных комиссий могут быть вменены бухгалтерам. Действующая надежная система внутреннего контроля предусматривает наличие планов проведения проверки ревизором или ревизионной комиссией с указанием сроков и объема проверок по отдельным вопросам, ответственного лица за проверку.
Контрольные процедуры бухгалтеров заключаются в проверке правильности составленного первичного документа, пересчете итогов, сравнении документов, в которых отражена хозяйственная операция, и встречных документов, подтверждающих факт совершения операции. Например, для подтверждения факта начисления оплаты труда по трудовому соглашению за оказание консультационных услуг по ведению учета в наличии должны быть документы: договор на оказание консультационных услуг, акт выполнения работ, в котором должно быть указано содержание консультации, затраты времени и стоимость этих консультаций.
Внутренний контроль будет наиболее действенным в том случае, если средства контроля встроены в инфраструктуру учреждения.
В связи с этим необходимо разработать положения о внутреннем контроле бюджетного учреждения.
Внутренний контроль призван служить механизмом для минимизации ошибок, расточительства, предупреждения случаев мошенничества и хищений. Внутренний контроль должен охватывать все разнообразные риски, связанные с деятельностью бюджетных учреждений. Он играет важнейшую роль в способности учреждения выполнять поставленные задачи.
Статью подготовил категорийный менеджер по работе с ключевыми клиентами Умберг Эмиль Дмитриевич. 
